Die Konferenz der Fachbereiche Chemie besitzt vier verschiedene organisatorische Ebenen. Das Vorstandsteam mit der Sprecherin und dem Sprecher, dem Kassenwart und dem Vertreter im Beirat des Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultätentages (MNFT) bildet die oberste Ebene. Der Beirat unterstützt das Vorstandsteam in der Entscheidungsfindung, ihm gehören ebenfalls die Regionalvertretungen der einzelnen Bundesländer an. Dem Beirat sind als ständige Gäste Vertreterinnen und Vertreter der Gesellschaft Deutscher Chemiker (GDCh), des Fonds der Chemischen Industrie (FCI), der Arbeitsgemeinschaft Deutscher Universitätsprofessoren und -professorinnen für Chemie (ADUC) und des Fachbereichstags Angewandte Chemie und Chemieingenieurwesen (FACh) zugeordnet.

Die Plenarversammlung, der alle Mitgliedsfachbereiche angehören, findet einmal jährlich statt und dient dem Austausch zwischen Vorstandsteam, Beirat und den Mitgliedern.

Alle Details zur Organisation der KFC sind in der Satzung festgeschrieben.